Padova Üniversitesinde de yüksek lisans fiyatları bir çok İtalyan devlet üniversitesinde olduğu gibi gelir durumuna göre değişiyor. Padova Üniversitesi yüksek lisans fiyatları genellikle Türk öğrenciler için 2.529 ile 2.622€ arasındadır. Padova Üniversitesinde yüksek lisans fiyatları bu seviyedeki bir çok Avrupalı devlet üniversitesine göre oldukça ideal seviyededir.